Học thuyết Âm Dương cho rằng mọi vật tồn tại và phát triển được đều do hai khí Âm Dương vận động mà tạo thành. Âm Dương là hai mặt thống nhất đối lập của cùng một sự vật hiện tượng, mâu thuẫn nhau và chuyển hoá lẫn nhau không thể tách rời.
Với Hải Thượng Lãn Ông, y lý của Đông phương với các học thuyết triết học duy vật cổ như âm dương, ngũ hành... được vận dụng vào lĩnh vực y học đã được khai thác một cách sâu sắc và sáng tạo.